Së fundmi Papa Françesku është vendosur në qendër të kritikave për shkak të një deklaratë të tij kundër homoseksualëve në shkollat priftërore. Duke folur në një takim me peshkopët në Romë, nëse homoseksualët duhet të pranohen apo jo në seminare ku priftërinjtë e ardhshëm trajnohen, Papa Françesku u përgjigj duke thënë se “tashmë ka mjaft prani homoseksuale”, duke përdorur termin “frociaggine” (pederastë), i cili konsiderohet term ofendues. Kjo ka bërë që shumë qytetarë në Itali të dalin kundër Papës.

Nëntorin e kaluar u vendos që homoseksualët mund të pranoheshin në seminarët për priftërinj për sa kohë që ata nuk kishin një jetë seksuale, por ky vendim u bllokua nga Papa Françesku. Së fundmi Vatikani ka lëshuar një paralajmërim të fortë kundër ndryshimit të gjinisë, duke thënë se çdo ndërhyrje e tille kërcënon dinjitetin e çdo personi. Paralajmërimi është publikuar në një dokument të ri të nënshkruar dhe miratuar nga Papa Françesku.

Pas polemikave për deklaratat për homoseksualët, në një seminar Papa tha se thashethemet janë për gratë. “Ne veshim pantallona, duhet të flasim hapur”-citohet të ketë thënë ai. Në të njëjtën kohë, sipas shtypit italian, Papa Françesku thuhet se iu referua, edhe problemeve të korrupsionit brenda Dioqezës Katolike të Romës. Sipas shumë analistëve, brenda Vatikanit po zhvillohet një konflikt i fshehtë midis krahut progresiv që mbështet papën argjentinase dhe klerikëve të lartë konservatorë, të cilët kundërshtojnë vendimet e tij dhe të gjithë linjën e tij.

Ndërkaq, risjellim në vëmendje se Vatikani, në një vendim historik, të miratuar nga Papa Françesku bëri me dije ndryshimin rrënjësor se priftërinjtë katolikë romakë mund të bekojnë çiftet e të njëjtit seks për sa kohë që ata nuk janë pjesë e ritualeve ose liturgjive të rregullta të Kishës.

Një dokument nga zyra doktrinore e Vatikanit njofton se bekime të tilla nuk do të legjitimonin situata të parregullta, por do të ishin një shenjë se Zoti i mirëpret të gjithë. Dokumenti thotë se priftërinjtë duhet të vendosin rast pas rasti dhe nuk duhet të parandalojnë ose ndalojnë afërsinë e Kishës me njerëzit në çdo situatë në të cilën ata mund të kërkojnë ndihmën e Zotit nëpërmjet një bekimi të thjeshtë.